6月9日，周恩来去见蒋介石，根据中共中央的意见，提出应使三民主义青年团成为统一战线的组织，来统一全国的青年运动。一个星期后，蒋介石发表告全国青年书，公布三民主义青年团章程，规定凡加入者不得参加任何党派活动，实际上拒绝了周恩来的建议。
不久，国民党以武汉卫戍司令部政治部名义下令解散中国共产党领导的三个青年团体——青年救国团、中华民族解放先锋队和蚁社。
6月19日，周恩来依据《抗日建国纲领》，代表中国共产党向国民党当局严正提出10项要求。大意如下：
(1)保障各抗日党派合法存在。
(2)释放一切在狱共产党员。
(3)停止查禁各地抗日书籍杂志。
(4)保护八路军、新四军家属。
(5)在游击区及敌占区实行《抗战救国纲领》所规定的指导，援助人民武装抗日，发动普遍的游击战。
(6)划定延安、延长、延川等23县为陕甘宁边区，组织边区政府。
(7)扩编八路军为3个军9个师。
(8)增编新四军至7个支队。
(9)规定八路军、新四军与友军的作战分界线。
(10)依同等待遇，按时对八路军、新四军进行枪弹及后勤补给。
对上述合理要求，蒋介石却一直采取敷衍搪塞的态度。
关于国共两党合作的组织形式，也是周恩来与国民党当局谈判的重要内容之一。
周恩来代表中共多次提出了基本的两种：第一种，像大革命期一间那样，国民党改为民族革命联盟，各党派加入进去，各保持其独立性，实行党内合作。第二种，各党组织共同委员会，拥蒋介石为最高领袖，实行党外联盟。
蒋介石却不以为然。他认为共产党是“孙猴子”，实行第一种形式，会钻进来搞党中党；实行第二种形式，又是两党平分政权，国民党已建党多年，共产党才成立17年，不能平等。
所以，后来实际上采取的是遇事协商、临时约见的合作形式。这是一种松散型的合作方式，又是一种十分艰难的合作方式。周恩来就是利用这种合作方式，解决了一个个棘手的问题。新四军的改编就是其中突出的一例。
新四军是由红军长征以后留在南方8省14块根据地的红军游击队合编而成。国共合作以后，周恩来为解决留在南方的这些红色武装的问题，与国民党进行了艰苦的谈判，迫使国民党同意将这-部分革命力量编成一个军。然而，在军长人选、编制及干部配备上双方意见相左，相持不下。意见分歧的根本原因是国民党想安排自己的人去掌握，从而吞并这支军队；共产党却坚决反对，提出“国民党不得插进一个人来”。
1937年8月，在南京与国民党谈判的周恩来来到上海，遇见了叶挺。
叶挺，曾为中共党员。北伐革命时，他任国民革命军第四军独立团团长，率部为北伐先锋，一路势如破竹打到武昌，被誉为“北伐名将”。大革命失败后，他参加南昌和广州起义，并担任广州起义总指挥。起义失败后旅居国外，失掉党的关系。抗日战争爆发后，叶挺一腔热血沸腾，立即回国参加抗战，却被蒋介石冷落一旁。
北伐时期和南昌起义期间，周恩来作为叶挺的领导和并肩作战的战友，十分了解叶挺，更理解他此时的心情。
叶挺向周恩来倾诉希望参加抗日事业的强烈愿望。
周恩来说：“你能否出面参加南方红军游击队下山抗日工作？”叶挺略为思考，欣然接受。
就在上海抗战十分激烈的时候，叶挺去见蒋介石：“为了抵抗日本侵略，为了在华中日本占领区内开展游击战争，让我集合仍留在南方的红军游击队和改编这些军队。”
叶挺还要求以北伐时期的“铁军”第四军为这支新编军队的番号。
蒋介石以为叶挺已脱离共产党，可能与共产党不一条心，就同意了他的请求。
9月28日，国民政府军事委员会铨叙厅发表正式任命：
“任命叶挺为国民革命军陆军新编第四军军长，编制南部各游击队事，通令各省、区与叶挺接洽。”
10月下旬，叶挺来到延安，中共中央特意举行了一个欢迎大会。【贺氏藏书·刘大海精校】
毛泽东在会上讲：“我们今天为什么欢迎叶挺军长呢？因为他是大革命时代的北伐名将，因为他愿意担任我们新四军军长，因为他赞成我党的抗日民族统一战线的政策，所以我们欢迎他。”
从延安返回，叶挺去见蒋介石。
蒋介石一听叶挺去了延安就火冒三丈。他一口拒绝叶挺在延安与中共领导人商定的组建新四军的意见。
叶挺腾地一下站起来：“这个军长我不当了！”蒋介石迫于无奈，只有妥协。
12月中旬，周恩来一到武汉，就开始着手新四军军部的组建。12月23日，中共代表团和中共中央长江局第一次联席会议研究了新四军的组建问题。随后，周恩来又与董必武、叶剑英、叶挺和已被任命为新四军副军长的项英一起研究军部成立之事。
12月26日，新四军军部在汉口太和街26号挂牌成立。
28日和29日，周恩来在长江局听取鄂豫皖高敬亭部、湘鄂赣傅秋涛部和鄂豫边代表张青萍的汇报。周恩来宣布湘鄂赣边的红军游击队改编为新四军第一支队第一团；鄂豫皖边的红二十八军和鄂豫边的红军游击队改编为第四支队，高敬亭任支队长。
1938年1月8日，陕北延安的毛泽东收到周恩来与王明、博古联名从武汉发来的一份电报。
这份电报说：国民政府军委会已核准新四军编为4个支队，以陈毅、张鼎丞、张云逸、高敬亭分任4个支队司令，每月发给经费1.6万元。
中国共产党领导的又一支抗日劲旅在南国诞生。这是周恩来等人与国民党当局据理力争的又一重大成果。
1938年元旦刚过，叶剑英就根据周恩来的意见，到黄安七里坪检查第四支队的改编工作。
3月1日，新四军第一支队第一团由湖南平江东进。
3月8日，第四支队在高敬亭率领下由湖北黄安七里坪东进皖东抗日前线。
5月12日，第四支队在皖中蒋家河口歼日军一部，取得新四军东进抗日第一仗的胜利。
新四军奔赴抗日前线后，周恩来又为新四军补给与国民党进行谈判，并请安徽省财政厅长章乃器帮助解决新四军的军费。四年后，国民党顽固派制造“皖南事变”，袭击新四军军部及直属部队，使数以干计的新四军抗日将士壮烈牺牲，军长叶挺被捕入狱。周恩来听到这个消息后，愤然为《新华日报》题辞：“千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急！！”
有人说，抗日战争的武汉时期是国共第二次合作的“蜜月”。作为这个“蜜月”的主要缔造者之一，周恩来功不可没。
五十多年后，一本关于周恩来的权威著作对他的这段历史作了如下评价：
“周恩来在武汉时期同蒋介石的这段谈判，进行得异常艰苦……尽管周恩来抱着很大的诚意，作出重大的努力，两党关系在表面上还能维持和好的局面，但没有取得实质的突破，而新的危机却在悄悄地潜伏并滋长……”
●如果把抗日民族统一战线比作长江，他就是把千条支流引入大江的导流人
1938年阳春三月的一天，汉口熊廷弼路三步一岗，五步一哨，那些叫买的、乞讨的、修鞋的，一律被全副武装的军人赶走。
一辆黑色福特牌小轿车疾速驶到一个大门楼前，“嘎”的一个急刹车，车上走下两位佩着中将军衔的中年军人。
“欢迎二位光临寒舍。”一位上将边说边笑着从门内迎出来。来的两位中将，一位是周恩来，一位是国民革命军第十八集团军参谋长叶剑英。那位上将则是桂系名将、有着“小诸葛”之称的国民政府军事委员会副参谋总长兼军训部长白崇禧。宾主一起步入一间警卫森严的客厅。
白崇禧今天邀请周恩来和叶剑英到家里来是费尽心机的。前几天，蒋介石将白崇禧召去，要他去徐州协助第五战区司令长官李宗仁指挥。蒋介石说：如有失守，不仅全体官兵应加重惩，就是李宗仁和他白崇禧也要受处分。白崇禧突然有一种把自己推到肉案上的感觉。蒋介石擅借刀杀人，白崇禧是了如指掌的。
3月上句，日军在津浦线北段调集七八万兵力，一路由少壮派军人板垣征四郎率主力第五师团沿胶济路西进直逼临沂，一路由矶谷廉介率第十师团沿津浦路南下，企图与第五师团会师台儿庄，合攻徐州。白崇禧是国民党内有名的主战派，如果在徐州打赢了，尚有可言，如果打败了，那么两个月前第五战区副司令长官韩复榘和北平守将张自忠将军的结局，是否就是自己的未来下场呢？但在强敌面前该如何打，自己却心中无底。
从蒋介石那儿回来后，白崇禧的脑袋一直围着这个问题打转。有一位朋友向他建议，找共产党谈一谈。可要他直接公开地去找共产党却不行，因为蒋介石在八路军武汉办事处周围布置了大批特务进行监视。