在整个抗日战争时期，军校所设立的其他分校在动荡之中继续开办，李明灏、杜建时、胡宗南、甘丽初、钟彬、宋希濂等相继主持分校的工作。洛阳分校(第一分校)，成立于1933年，1938年迁往陕西南郑，1944年底停办；武汉分校(第二分校)，1936年重办，抗战开始以后迁至湖南武冈、会同，1945年停办；第三分校，原来指成都分校，1939年改设于江西瑞金，1946年停办；广州分校(第四分校)，1936年成立，广州陷落以后相继迁往广西、贵州等地，1945年停办；昆明分校(第五分校)，成立于1935年，1946年停办；南宁分校(第六分校)，1926年成立，1945年停办，南宁分校的师生于1938年参加了昆仑关大捷，越南人民军领导人武元甲也曾在南宁分校学习；西安分校(第七分校)，1938年成立，我党著名地下党员熊向晖曾是第七分校15期学生，该校于1945年停办；均县分校(第八分校)，1940年成立，1945年停办；迪化(乌鲁木齐）分校，即第九分校，成立于1943年，1945年停办。军校成都时期还设立了军官教导总队、战术研究班、高等教育班、校尉官研究班等，使军校的教育体系更加充实，在此期间蒋介石仍然兼任校长一职，陈继承、万耀煌等先后担任教育长，实际主持军校的日常工作。
1946年1月，中央陆军军官学校改名为“陆军军官学校”，蒋介石兼任校长，万耀煌任教育长，不久教育长一职由黄埔1期毕业生关麟征接任。1947年7月，担任了23年军校校长的蒋介石宣布不再兼任校长，关麟征于是升任校长一职，这是黄埔毕业生第一次担任军校校长这一要职，在此期间军校共招收了两期学生即第22期和第23期，第24期刚刚招生入伍全国就已经解放了，在黄埔22期学生中黄幸强后来任台“陆军总司令”、罗本立任台“三军大学校长”、曹思齐任台“陆军参谋长”、王多智任台“陆军副总司令”。
1949年9月12日，时任国民党总裁的蒋介石乘“中美号”专机抵达成都，随即进驻军校黄埔楼。蒋介石此行是为了对军官学校的领导人进行大调整的。关麟征校长晋升陆军总司令，校长一职由黄埔1期毕业生原南京卫戍司令张耀明接任；军校教育长仍然由吴允周担任；军校训导处长(即原来的政治部主任)由黄埔4期毕业的吴起舞担任。而此时的陆军军官学校尚有师生近14000人，军校领导机构还有5处11科和《黄埔日报》社。军校除军官训练班、军官教导总队、游击训练班之外，在校的黄埔23期学生有3个总队共3452人；黄埔24期招生入伍了约1120人，编成了一个学生总队，黄埔5期毕业生徐幼常任总队长。
1949年底，我人民解放军第二野战军以及第一野战军18兵团在刘伯承、邓小平、贺龙、周士第等指挥下以“大迂回”的战略战术席卷大西南。12月，人民解放军已经完成了对成都及其周围地区的战略包围，在山穷水尽之际，军校校长张耀明、教育长吴允周、副官处长吴丽川等先后逃往台湾；在我地下党员的极力争取之下，李永中、吴起舞、徐幼常、肖平波等率领军校师生10000多人举行起义，这批起义师生后来相继被分配到了人民解放军西南军区各部队或地方政府部门，许多优秀的师生后来还加入了中国共产党。至此孙中山先生当年创办的为了救中国、为了救中国人民的“黄埔军校”最终又从国民党反动派手中回到了人民的怀抱。从此黄埔军校永远结束了它在中国大陆办学的历史!
蒋介石败退至台湾以后于1950年8月在台湾高雄的凤山以原来的第四军官训练班(即台湾训练班)为基础，重新恢复陆军军官学校，任命罗友伦为军校校长，次年4月军校招收黄埔24期学员入学学习。1954年6月以后，军校仿照美国的西点军校的学制进行了大规模的改革：学制改为四年，第一年实行通识教育，特别重视英语运用能力，成绩优秀者可以被保送至美国军校学习，此外还使学生深入了解机械化对现代陆军作战的重要性；进入第二学年，开始选择与自己将来发展有关的系，军校普通科共设文史、政治、外文、数学、物理、机械、电机、军工、测绘等九大系，军校军事学术科下辖一般、战术、体育、兵器四大组；第三学年学习和实习领导防御的能力；第四学年则转为思考与实习的相结合。军校还实施理工科大学教育，学生毕业以后既发给陆军军官学校毕业证书，同时也授予理工科学士学位，军校接受台湾“教育部”的督察和指导。除此之外军校毕业生还要到其他的兵种学校学习，中校以上军官要想获得晋升就必须到台湾“三军大学”等高等学府深造。1975年军校的教育体制再度修改，从黄埔47期起学时延长至四年零三个月。1977年，从黄埔48期学生开始，学生毕业以后还可以授予文学学士学位。军校还设有专科生班、专修生班、短期训练班、预备军官训练班和补训总队等机构；军校特别重视学生的体能训练，增加了攀岩、武术、擒拿格斗等训练项目。军校的校长军衔为中将，由现役将领担任，任期一般为两年；从1950年军校恢复时起罗友伦(黄埔5期)、谢肇齐(黄埔6期)、徐汝城(黄埔6期)、艾瑷(黄埔8期)、张立夫（黄埔8期)、林初耀(黄埔10期)、秦祖熙(黄埔11期)、言百谦(黄埔16期)、许历农(黄埔16期)朱致远（黄埔16期）、卢光义(黄埔22期)、黄幸强(黄埔22期）、黄耀羽（黄埔24期)、汤元普(黄埔28期)、胡家骐(黄埔29期)、杨德智(黄埔33期)等先后担任过校长一职，现任校长是杨国强中将。军校的副校长、政战主任、各系系主任以及各所长军衔均为少将，也是由军队现役军官担任。
黄埔赤子心，国家民族情……
1986年6月16日，黄埔军校同学会在北京正式成立，黄埔1期生徐向前元帅担任会长，聂荣臻元帅和全国人大副委员长许德珩任顾问，此后黄埔1期生侯镜如、李默庵，黄埔4期生李运昌先后担任会长，胡立教等先后任顾问。
1991年4月在台湾的黄埔一期生邓文仪将军发起创建了中华黄埔四海同心会，呼吁海峡两岸黄埔同学为和平统一中国而努力奋斗，邓文仪将军又于同年率团访问祖国大陆并且晋拜中华民族的共同祖先黄帝陵。2004年6月13日，黄埔2期学生张炎元、黄埔12期学生郝柏村率上千名退役的黄埔校友在台北市大安森林公园举行集会，纪念黄埔军校成立80周年。会上郝柏村代表台湾广大退役的黄埔将领发表演说明确指出：我们决不当分裂国土的罪人!郝柏村的讲话内容被作为黄埔校友的共同声明在各大媒体上刊出，在海内外引起了强烈反响。
北伐前黄埔军校各期毕业生简介
黄埔军校的毕业人数，据《中央军校十周年纪念册》，第一期585人，第二期450人，第三期1，224人，另潮州分校345人，第四期2，314人，第五期1，481人，第六期718人，第七期612人，共7，729人。
而据《黄埔同学总名册》，一至五期毕业生共7，399人，如加上第六期718人，第七期612人，总数可达8，729人。亦有统计为8，783人者。
而据丰悌的回忆，第一期490多名，第二期400多名，第三期1，200多名，第四期2，600多名。第四期设有补习班、学生军、特种训练班等，总人数有一万多名。第五期3，000多名，第六期3，000多名，第七期900多名。一至七期总共毕业一万多名，加上军官班、补习班等，总数在二万人左右。丰悌的估计，除包括军官班、补习班、学生军、特种训练班以外，亦可能将分校的毕业生计算在内。而分校毕业生，有些有统计，有些无统计；有统计者，数字亦多出入。如潮州分校（民国十四年十二月至十五年十二月）毕业生人数，前引谓345人，有资料谓为728人。另外，武汉分校（民国十六年二月至二十一年三月）毕业第七期1，760人，长沙分校（民国十六年二月至十七年五月）毕业第七期人数不详，估计在1，400名左右；南宁分校（民国十五年五月建立，断续存在至民国三十四年十月）在北伐期间为国民革命军第七军干部的重要来源，到民国十六年九月毕业约670人。兹不赘述。
一至五期7，399名毕业生中，湖南2，189人，占30％，广东1，036人，占14％；四川636人，占8.6％；浙江584人，占7.9％；湖北504人，占6.8％；江西476人，占6.4％；江苏265人，占3.6％；陜西246人，占3.3％；广西218人，占2.9％；安徽207人，占3.0％；河南205人，占2.8％；贵州163人，占2.2％；福建144人，占1.9％；山西138人，占1.9％；山东118人，占1.6％；云南108人，占1.5％；直隶68人，占0.9％；绥远（25）、辽宁（11）、甘肃（6）、蒙古（6）、吉林（3）、察哈尔（2）、热河（2）、黑龙江（1），共56人，占0.8％；朝鲜（34）、台湾（2）、新加坡（1）、越南（1），共38人，占0.5％。