不管怎样，邓从未怀疑过在新民主主义革命阶段，土地政革应该是党的政策的核心。
1946年7月至1947年6月，就是内战的第一年，八路军和新四军在战争爆发前夕更名为人民解放军。整个武装力量分成四个野战军，在除满洲之外的全国各个地方展开了防御战。林彪统帅的野战军，几次从靠近苏联边境的森林及山区地带出击、逐步赢得了战略上的主动。刘伯承和邓小平领导的另一支野战军掌握着南部前线的至关重要的防区。这条防线一旦被突破或被破坏，国民党就能够包围它东面的另一支野战军，同时巩固从北平到满洲的交通要道。整整一年，在山东西部，也就是在黄河南岸由东向西的铁路线两侧，刘邓部队同优势的国民党军队作战，他们重创敌人，他们本身伤亡并不重但还是作了不少退却。1947年1月，国民党占领了共产党的老根据地华北平原三十五个县中的二十四个县。当年夏天，刘邓被迫退至黄河以北。在其他地区，共产党也遇到了挫折。在华东，国民党发起了大举进攻；在西北部，延安也被国民党攻下。毛及党中央的其他同事避走于陕北光秃秃的黄土山区。
因此，内战爆发一年之后，从地图上可以看出共产党的情况是严峻的。但是地图并没有告诉人们全部的故事，它没能显示出在这一年里国民党和共产党军队的伤亡人数呈1O：3之比；没能显示出国民党部队纪律涣散、道德沦丧。在战区中的许多国民党部队只能作为驻守军队，不能用作进攻。在毛称之为"第二条战线"的国民党统治区，通货膨胀加速，国民党政客和政府部门处处蔓延着腐败与投机现象。对于在国民党统治区的许多人来说，出于对这种黑暗的政治局面的反抗，人们谴责国民党远甚于共产党，反对内战、要求和平的运动正在不断发展。
在这种形势下，毛作出了关键性的决定，共产党应该发起战略性的反攻。在1947年9月的一个指示中他对这项决定作了说明，他这样写道："我军执行外线作战、将战争引向国民党区域的方针，当然要遇到许多困难……但是，这种困难能够克服和必须克服。因为敌人将被迫更加分散，有广大地区作为我军机动作战的战场，可以求得运动战；那里的广大民众是痛恨国民党拥护我军的；虽然部分敌军仍然有较强的战斗力，但一般地敌军士气比一年前低落得多，其战斗力比一年前削弱得多了。"②这段文字很有说服力，但事实上风险也很大。尽管有军事的、政治的许多困难，国民党军队并没有完全丧失战斗力，同时加紧了他们在华东和西北部的进攻。此外，"外线作战"的政策使得一支或者更多的共产党军队面临被封锁、包围甚至消灭的危险。
率先发动反攻的任务落在了刘伯承。邓小平的肩上。1947年6月底（当时毛已作出反攻的决定，但上面说到的指示是在两个多月以后才发布的），刘、邓指挥野战军主力强渡黄河，在鲁西南地区向国民党发起进攻。在一个月的战斗中，消灭敌人五万人，四个师的国民党军队被俘。接下来刘邓大军发动第二次突袭，他(鲁西南战役共歼灭敌人5．6万余人。俘虏敌整编第六十六师中将宋瑞珂，整编第七师中将陈颐鼎、第五十五师中将副师长理明亚、第七十师少将副师长罗哲东、第六十六师参谋长郭雨林等高级将官多名。--译注)们向南挺进，直插位于南京和武汉之间的大别山区，深入到了国统区的内部。他们在二十天的时间里，千里跃进，屡遭艰险，尤其是穿越危险的黄泛区沼泽地，在后有追兵的情况下抢渡淮河，终于在8月底到达了大别山区。
在邓小平的官方传记中，有几段话对于接下来几个月艰难的日子作了充满感情的描述：
"刘邓大军由于连续行军，极度疲劳；部队在南方作战缺少经验；刚到新区，政权还没有建立，群众还没有充分发动起来，粮食、服装和弹药奇缺。于是，刘伯承率一部分兵力跳出圈外，向淮西一线展开，扩大根据地。邓小平和中原军区副司令员李先念率领精干队伍在大别山顽强坚持。邓小平激励部队说：一副担子，有重的一头，有轻的一头，我们在大别山背重些，其他部队和地区就能大量歼灭敌人和深入开展工作，这对全局极为有利，我们再削弱再吃苦也要坚持住。他们与战士同甘共苦，风餐露宿，数日不得一饱，夜以继日地同敌军周旋。"③这段文字显然是根据参与当时战斗的战士的回忆写成的，邓本人很可能也对这段文字作了修饰，所以它很明确地指出，如果当时邓的部队被打败，那么毛发动的这一大胆的行动，就有可能要失败，甚至导致解放军的砌底失败。最困难的要算1947年11月到1948年1月那段时间，曾领军追剿邓的红七军、现任蒋介石代理参谋长的白崇禧从华东和西北战区抽调了二十万军队开往大别山区。邓小平率领部队在大别山艰苦奋斗。
转机到1948年春天才来到，其他的共产党部队防线进入黄河与大别山区之间的空间。这时邓小平才能离开大别山区进军豫北。5月份，他在那里被任命为党的中原局第一书记和中原野战军的政治委员，仍然同刘伯承并肩作战。
邓是在这场战争的一个停滞阶段被任命担任上述职务的。国共双方都想停下来作一番休整。共产党方面，毛泽东不太清楚下一步应该怎么办。聂荣臻在他的回忆录中描述了当时毛同他还有其他人就战略计划曾有过的几次会谈，在其中一次谈话时有人劝阻毛不要命令华东野战军直接跨过长江。
也是在这段时间，由于整个冬天处在陕西极为恶劣的环境下，毛的身体感到不适，斯大林邀请他去莫斯科进行治疗，毛谢绝了。原因是显而易见的，如果接受邀请他就至少要离开中国几周的时间，但这正是国内战争达到高潮，共产党第一次考虑有可能从根本上推翻国民党政府的关键时刻。不管怎么说，毛有理由怀疑这一邀请潜在的动机。从1927年起，在涉及到中国国共双方的有关决定中，斯大林似乎一直更偏向国民党一方，从1937年第二次国共合作的建立，从抗日战争期间苏方军事力量的投入，从1945年和1946年在满洲地区苏联对国共双方军队的援助等方面都可以看出这一点。毛得出了显而易见的结论，即斯大林企图就毛的军事实力和政治目标盘问他，并觉得中国共产党人的成功将会冲击苏联的政治地理利益。
不管毛怎样怀疑，他很快认识到斯大林的观点发生了变化。1948年夏天，苏联政治局的资深委员安·米高扬秘密访问了当时设在河北山区的中共中央。这次访问在中国只有很少的人知道，在苏联也是直到70年代初期毛泽东有关这次访问的一个谈话内容被披露，这才被外界所知。人们从几个公开渠道可以了解到有关这方面的一些情况，其中包括聂荣臻回忆录。聂回忆说，当时斯大林派米高扬取道大连（这当时是苏联空军在满洲的一个基地）抵达中国，要他"亲自和毛泽东同志谈一谈，中国革命究竟还有多大力量，还有多少人能打仗"。聂评论道："因为在他们的印象里，中国共产党领导的革命军队，经过连年战争，恐怕已经没有多少人了。这说明，他们对中国的革命力量，始终是估计不足的。"④事实上，米高扬认为，中国共产党全力争取内战全面胜利的做法是错误的，因为这将导致美国人的干涉，他们一旦支持国民党，将会给世界力量对比，也给共产党本身带来许多严重后果，因此，中共的正确方针应该是放弃进军长江以南地区、维持自己对北半个中国的政权。米高扬受到抵制和质询。后来在谈到这段特殊的插曲时，毛泽东曾轻蔑他说，他拒终了米高扬的这些分析和建议⑤。
1948年9月到1949年1月之间的三大战役决定了这场战争的成败。这三大战役每一次都是由共产党发动进攻并且每一次也都是以共产党的势不可挡的胜制而告终。他们最后完全消灭了东北和华北及中原地区的国民党军队。将近一百五十余万的国民党军队被歼或被俘。
1948年11月上旬到1949年1月中旬，在中国中部地区、黄河与长江之间的淮海战役中，邓小平的军事生涯达到了光辉的顶点。淮海战役是三大战役之一。在这个战役中，共产党调动了包括刘伯承部队在内的两个野战军及一些地方部队，并组成总前委统一领导。而邓小平正是这个总前委的书记，也就是实际负责人。在这一战役中，共产党派出了大约三十万的军队＊并得到了民工
＊原文如此。实际为六十万军队。--译注的支援。邓小平的官方传记称，支前民工达五百四十余万人。他们运送弹药和物资，挖战壕（这些战壕用来阻陷国民党所使用的成千上万的包括坦克在内的车辆）。国民党一方则投入了几个兵团将近十万的兵力。(原文如此。实际为近八十万军队。--译注)
江苏徐州，是位于铁路干线枢纽的一个城市，国民党的两位主要将领刘峙和杜聿明及其指挥部就驻扎在这里。在徐州的东部、西南部和西部进行了四次重要战斗。在的三次战斗中，每一次国民党军队都有大约十万人被歼灭。第四次战斗中，又有两个兵团遭到了同样的下场。在这四场战斗中，共产党的策略是当国民党军队轻率地离开其据点来到开阔的乡村时就包围他们。