在专门为孤独症儿童服务的教育机构里，“孩子们都好可爱，源堂，他们表面看起来也没什么不同。”碇唯看着走廊里熙熙攘攘的小豆丁感叹道。
走道里孩子们互相推搡着，却是安静的，沉默的。
“这些孩子都不打闹，也不吵。”老碇百忙之际还是陪碇唯来了。
“真嗣在这里，会孤独的吧。真的要让他留下吗?”周围的窒息感让碇唯不太舒服。
“先待一阵子看看效果吧，真嗣属于高功能自闭症，在自闭症人群中只占十分之一左右，比较容易干预。”
“嗯，专家也说真嗣可以更早开始融合性教育(融合性教育是指特殊儿童与普通儿童同时在一个环境下接受教育)。”碇唯看着呆站在一旁的真嗣说。
“真嗣是个有特殊才能的孩子，不是病人。他只是很多东西需要额外引导而已。你看他平时不爱搭理别人的样子，其实他心里非常敏感。你给他的爱，他都能清楚感受到。他也会回应，只是表达方式不同。”
碇唯清楚记得，一次下班回家晚了。真嗣在客厅里等她，也不说“妈妈回来啦”，只是默默走近，把一颗糖果塞进碇唯手里就走开了。那是她最喜欢的柠檬口味，而她只提过一次喜欢这个口味，真嗣就记住了。
真嗣确诊为高功能自闭症后，碇唯找了最好的治疗机构进行干预，因为这种症状越早治疗越好。碇唯在工作之余，也积极学习相关知识，给与真嗣更多的关注和引导。
表面上，真嗣只是安静内向了点，有点不善言辞。但强大的学习记忆能力十分出众，特别是在语言学习方面，抱着一部大辞典几个星期就背完记住了内容，也许光芒掩盖了缺陷可以让人接受。
“3年了，真想让时间慢一点啊。”真嗣感叹道。在他人看来，他只在墙角看一本大部头——《生物计算机基础》，入迷的样子，翻页有模有样的样子非常可爱，当然谁都不认为他能看懂。母亲碇唯从事相关工作，家里不缺这种书。
重生以来，他都在不断地探索感受新的世界，新的身体。
“以前看的都是二次元的动画，现在是完全版的真人现实世界。”虽然接触的人不多，但现实人物都跟动画人设一致。总给他一种不真实感，非常怪异。
最大的烦恼，是无法全天清醒过来。只能靠潜意识让自己进行一些活动，例如阅读。经过这些年的摸索，他发现自闭的自己好比另一个人格，可当做“表人格”。除了对数学计算、记忆和图形色彩方面天赋优异之外，跟该年龄段的孩子无异，也没有读取前世记忆的能力。
此时真嗣的意识，如果没有觉醒的意愿，就如同一个旁观者，通过第三者视角观察自身的一切活动。不过可以通过潜意识暗示引导表人格的言行，如同操纵一台不灵光的机器。例如决定晚饭吃什么，迷路该走哪条路，要读什么书。
不过，一旦清醒过来，相当于凌冲这个人格完全覆盖了表人格的意识。此时，凌冲作为里人格，一旦觉醒就如灵魂归位，自带学者综合征天赋技能。更令他高兴的是，前世的记忆历历在目，前所未有的清晰深刻。读过什么书，从小学课本到大学专著，看过什么动漫本子，甚至码过几行代码都事无巨细，历历在目。
非常奇妙的体验就是，他可以让表人格一边阅读记忆知识，里人格一边思考吸收。双线程工作，互不干扰。而且他发现里人格在潜意识中思考吸收知识更加快速，相当于时间流速放缓了，这大大加快了他的学习速度。
“难道，这种异常精神情况就是获得天赋的代价?”有时真嗣挺郁闷地想。
“但是，这种鸡肋天赋除了提高我的学习速度和知识量，对战使徒根本没有卵用。不会是那个二次元女神经搞的鬼吧?”从一开始，真嗣就为驾驶EVA做准备，因为这样才能改变女神的悲剧命运。
“一定要改变绫波丽和明日香的命运，否则又是悲剧收场，那我进入这个世界就没有意义。”真嗣暗暗计划着。
于是，真嗣从前世擅长的技能入手。他本是一个软件工程师，学硬件出身，任职于一个大型网络公司从事技术研发工作。
事实上就是技术宅一个，平日沉浸在自己的世界，跟朋友交际很少。因为工作性质原因，靠技术吃饭，不喜欢种种跟人打交道的事情，远离玩办公室厚黑学。活得单纯而平淡，就一点二次元爱好，没想到因为抢手办死于非命。
通过对大量前沿资料的吸收，才对EVA世界的科技实力有了大概的了解。这个世界的科技发展不均衡，科技树都点成一颗歪脖子树。有多个领域的技术秒杀前世的科技水平。
武器方面的N2(NonNuclear)系列众所周知，有核武器威力的非核武器，绿色环保，不辐射花花草草。
首先生物科学领域不用说了吧，根本不是一个时代的技术。EVA就是本世界最高科技造物，是极为先进的生物技术，都涉及到“灵魂打捞”技术了(尽管只对Adam和Lilith有效)，就是体外克隆量产绫波丽移植人格(灵魂)。
其次是计算机领域，三贤人系统MAGI本质上是生物计算机和电子计算机技术集大成之作，运用生物芯片制造。能够移植人格的超级计算机，其强大的处理能力，政府机构甚至用这套系统作为决策依据，已接近强人工智能的水平。据称，其运算速度要比当今最新一代的计算机快10万倍，能量消耗仅相当于普通计算机的十亿分之一，存储信息的空间仅占百亿亿分之一。
其次还有许多不起眼的“黑科技”，因为技术实现实在太bug了。
高振动粒子刀，刃处高速振动的粒子可以将对手自原子层面切断，属于无视对手装甲材质的破坏武器。
反物质武器阳电子狙击步枪(或阳电子炮)，这涉及到反物质的制取和存储。
还有超电磁强化盾，可挡住雷天使十几秒。
仿制朗基努斯枪，这算人类科技造物，能够变形还自带动能。
NERV月球支部，建立了整个建造基地。以及NERV、SEELE的全息投影技术，这涉及到的材料科学和航空技术，管中窥豹可见一斑，显然十分先进成熟。
最奇特的黑科技是：无法被使徒消化的沃克曼磁带播放机，以及高智能温泉企鹅PENPEN。
所以，本质上EVA是一部主题黑暗，带科幻、宗教元素的校园动漫。虽然有种种不科学的黑科技，矛盾的设定，浓厚的宗教元素，但看着真爽。而且青少年可以在其中找到自己的缩影，又有妹子可以撸，开创整个二次元产业辉煌时期的作品，当然受众广影响深。
真嗣最感兴趣的当然是生物计算机技术，有空闲都在阅读相关资料。得益于强大的记忆和理解能力，学习速度飞快，汲取先进知识的快感让他深深沉醉其中。
2003年，真嗣3岁。国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造。此时，E计划始动，零号机也开始建造了。
E计划，即“亚当再生计划”，就是基于亚当胚胎的研究建造EVA机体的计划，其成果便是“Evangelion”机体，始于零号机的建造。显然，这是SEELE“人类补完计划”的子计划，补完剧本的步骤之一。
箱根(第三东京市)，芦之湖湖畔。
碇唯带着婴儿车上的真嗣，跟冬月谈话。
“相同的天气日复一日，这国家没了秋天实在是件无可言喻的伤心事。”冬月面朝湖面感叹。
“SEELE手上的《死海古卷》，要是按照上面写的，十几年后会发生第三次冲击。”
“阻止最后悲剧的发生的组织，就是SEELE和Gehirn(NERV的前身)。冬月老师，解开那个封印非常危险。”碇唯劝阻冬月不要公开第二次冲击的真相和SEELE的存在。
“资料都交给碇了，因为这不是个人能做到的事情，我们将不再重演上次的悲剧。我也收到委婉的警告，看来他们想让我消失易如反掌啊。”看来冬月曾受到SEELE的威胁，强迫其入伙。
“对残存下来的人类也是一样，要毁灭人类是十分简单的。”
“就算如此，你也不必去当被实验者啊。”冬月担心碇唯的安危。
“一切都按照命运的安排，这也是我留在SEELE的原因。”碇唯抱起了真嗣，“而且，这也是为了真嗣。”她已经下定决心了。
“人类仿造神造出了EVA，这才是真正的目的吧。”冬月说。
“嗯，人类只能在这颗星球上生存，但是EVA可以无限制地存在下去，和寄宿其中的人的心灵一起。就算过了50亿年，地球和月亮都消失了，EVA也会一直存在下去。即使只有一个人活下来，虽然会非常孤寂，但只要继续活下去的话……”
“那样人类曾存在过的证据就会永远地留存下去吧。”冬月接着说。
显然，这次实验的后果碇唯是做好心理准备的。灵魂留在初号机里，也是她的意愿。
碇唯也是反对SEELE的人工成神计划的。而SEELE的手段之厉害个人力量无法抗衡，公开的反抗肯定没有任何用处。因此阻止其人工成神计划的最好方法就是潜入其补完必备道具——Lilith的复制品(初号机)并将其控制。
SEELE的补完计划里最后用的都是源自使徒的傀儡系统(DummySystem)。唯只要能使初号机拥有自己的意志抵制傀儡系统就能在最后阻止SEELE的野心。
可惜，真嗣此时还是一个奶声奶气的小屁孩，无力阻止这件事的发生。
结果，碇唯还是在次年的EVA启动实验发生预料中的意外，同步率达400%，灵魂永远留在初号机里。
“碇唯也算是遵从了自己的意愿吧。”凌冲想，TV版的真嗣同步率也达到400%化成汁，最后也能凭借自己的意愿回来。如果碇唯想脱离初号机的话，早就自己回来了。
所以在EVA里，碇唯最伟大，她为了人类能够繁衍下去牺牲了自己。
可怜的老碇，一直被冬月和唯的计划蒙在鼓里。