每次朝廷开御前会议，都是他作主发言人，其他卿大夫则不过挂名委员而已。
孔融的才气大，名气大，脾气和架子当然也不小。197年，袁术称帝，曹操便想公报私仇趁机杀掉与袁术有婚姻关系的太尉杨彪。孔融听说后，立即去找曹操，说《周书》有云“父子兄弟，罪不相及”，何况杨彪和袁术只是亲家！曹操推托说，这是上面的意思。孔融心想，扯你妈的淡！嘴上也不饶人：莫非成王要杀召公，周公也说不知道？如今天下人敬仰您，只因为您聪明仁智，办事公道。如果滥杀无辜，只怕天下人都要寒心。首先第一个，我孔融堂堂鲁国男子汉，明儿个就不来上班了！曹操想想他说得也有道理，就不杀杨彪了，但心里肯定结了个疙瘩。
然而孔融却不放过曹操，一有机会就找他的岔子，用讽刺挖苦和故意捣乱的方式来发泄他对曹操的不满。曹操攻破邺城，曹丕把袁熙的妻子甄氏抢来做小老婆。孔融就给曹操写信，说当年武王伐纣，把妲己赐给周公了。曹操因孔融博学，以为真有这事，便问他是在哪本书上看到的。孔融回答说：“以今度之，想当然耳。”又比如曹操为了节约粮食，下令禁酒，说酒可以亡国，由此非禁不可。孔融又跳出来唱反调，说天上有酒星，地上有酒泉，人间有酒德，酒怎么可以禁？再说从古以来就有因女人而亡国的，怎么不禁女人？这些话，当然让曹操很不受用。但孔融来头大，名气大，曹操轻易也奈何他不得，但“外虽宽容，而内不能平”。
如果孔融只是说些讽刺刻薄话，也许曹操忍一忍也就罢了。可惜孔融还要攻击曹操的政治路线和政治纲领，对曹操的每一重大决策都要表示反对，这就使曹操不能容忍了。加上孔融和刘备关系非同一般，曹操又正好要用兵荆州。留着这样的人在朝中，如何放心得下？于是曹操便决定在消灭刘备之前，先消灭了孔融。
杀孔融毕竟不是杀别的什么无名鼠辈，还得讲点法律程序。因此曹操便任命郗虑去当检察长（御史大夫），查一查孔融有什么问题。郗虑原本与孔融不和，对曹操的任命自然心领神会，很快就收集到孔融的罪证，并让一个叫路粹的人写了举报材料。其中最严重的一条，是扬言“有天下者，何必卯金刀”。卯金刀就是劉（刘）字。这便是谋反了，当然该杀，可杀。于是孔融很快就被下狱、处死、弃市，老婆孩子也统统受到株连。
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四几桩谋杀案(3)
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不过曹操杀孔融，用的却不是“谋反”的罪名，而是“不孝”的罪名。据路粹的揭发和后来公布的罪状，孔融有两条“反动言论”。一是说：父与子，有什么恩？论其本义，不过当时情欲发作而已。子与母，又有什么爱？就像一件东西暂时寄放在瓦罐里，倒出来后就什么关系都没有了。二是说：闹饥荒时，有点吃的，如果父亲不好，便宁肯拿给别人去吃。这样的言论，当然是“不孝”。所以曹操在布告上恶狠狠地说：“融违天反道，败伦乱礼，虽肆市朝，犹恨其晚”，不但该杀，而且还杀晚了。
这是典型的以言治罪，也是典型的专制政治。首先，我们不知道孔融是否真有上述言论。但曹操说有，那就有，不容申辩的。其次，即便有，也顶多是不像话，有错而无罪。但曹操那个时代是不讲人权的，连“腹诽心谤”都有罪，何况“猖狂攻击”？当然该死。第三，曹操自己说“唯才是举”，盗嫂受金、不仁不孝也不要紧，怎么可以因为不孝而杀人呢？岂非出尔反尔、自打耳光？再说，孔融只不过有不孝的言论，曹操还把它用到组织路线和人事政策上去了，岂不更该杀？不过，这些话我们并不能去问曹操。正如鲁迅先生所说：“我们倘若去问他，恐怕他把我们也杀了！”鲁迅：《魏晋风度及文章与药及酒之关系》。
其实，曹操用不孝的罪名杀孔融，用心是很深的，再次表明曹操是极有心计的政治家，而孔融是意气用事的书呆子。首先，汉王朝历来主张以孝道治天下。曹操杀孔融，说明他维护孝道，而维护孝道就是维护汉室。这就光明正大，同时还洗刷了自己“谋篡”的嫌疑，政治上又捞了一票。其次，这样做，不但能消灭孔融的肉体，还能诋毁孔融的名誉。你想，孔子的二十世孙居然主张不孝，他的人品还靠得住吗？一个连祖宗都背叛的人，难道还不该死吗？显然，曹操不但要整死孔融，还要让他死有余辜，死了以后也翻不过身来，遗臭万年。这一招是非常狠毒也很厉害的。陈寿作《三国志》时，便不敢为孔融立传。
说来曹操的杀孔融，确有正一正风气的目的。只不过这风气与孝不孝的没有什么关系，却与政治关系颇大。我们知道，东汉末年，许多名士都以“清流”相标榜。其中自然有洁身自好的高洁之士，也不乏沽名钓誉之徒。但不论何种“清流”，共同的特点，是才气大脾气也大，或没有才气脾气却很大。他们都自命清高，不肯与所谓俗人来往，也不肯与当局合作，或装作不与当局合作。如果只是个人生活闹闹脾气，还不要紧，然而他们还要把这种风气带到政治生活中来，而且弄得影响很大，这就不能不让曹操头疼。曹操是一个在非常之时行非常之事的非常之人。他要专政，岂容别人天天说他的怪话？他要用人，岂容大家都不来合作？这就要杀一儆百，才能一正风气，而孔融正好是这样一只大公鸡。所以他要杀孔融，还要批判他。对另一个才气和脾气也很大，地位和影响却不如孔融的人，就不去动他，而是交给别人去杀。
这个人，就是祢衡。
祢衡，字正平，平原（今山东省平原县）人。《后汉书》说他“少有辩才，而尚气刚傲，好矫时慢物”，也就是非常意气用事，非常刚愎狂傲，喜欢故意和时尚唱反调，和别人过不去，也不把别人放在眼里的意思。大约意气相投之故，他和孔融的关系非常之好，无话不谈。孔融那两条不孝言论，据说就是对祢衡说的，并由祢衡到处散布传播。路粹还揭发说，孔融和祢衡相互吹捧。祢衡说孔融是“仲尼不死”，孔融则夸祢衡是“颜回复生”。路粹的举报材料一再提到祢衡，可见孔融一案，在某种意义上是祢衡一案的延续。
祢衡的被杀，当然首先是得罪了曹操。孔融因爱祢衡之才，多次向曹操举荐祢衡。曹操自己也是爱才的人，便也想见一见这位名士。可是祢衡却看不起曹操，自称狂病，不肯前往，背地里又大放厥词，讥讽曹操。曹操哪里受得了这个？但考虑到祢衡才气大名气大，也并不想杀他，只想杀杀他的威风。听说祢衡善击鼓，便召祢衡为鼓吏，并大会宾客，阅试音节。这回祢衡倒是来了，而且鼓击得十分精彩漂亮，“容态有异，声节悲壮，听者莫不慷慨”。祢衡又走到曹操面前，却被负责礼仪的吏员呵住，说鼓吏应该换上特殊的服装，你怎么就这样走进来了？祢衡说：是。于是便当着曹操的面，不慌不忙一件一件脱下自己的衣服，脱得赤身裸体一丝不挂，然后又慢慢吞吞换上制服，再奏鼓曲而去，脸上没有半点羞愧的意思。这一来，曹操反倒弄得下不了台。不过曹操到底是曹操，便呵呵一笑对宾客说：我本来是想羞辱一下祢衡的，没想到反而被他羞辱了。
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四几桩谋杀案(4)
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这事连孔融也觉得太不像话，下来就责备了祢衡一番，并再三申说曹操的慕才之意。祢衡便答应见曹操。孔融十分高兴，立即跑去对曹操说了。曹操听了也很高兴，马上吩咐门人，祢衡来了立即通报。谁知一直等到下午，祢衡才来，而且也不是来道歉，而是来骂人的。只见他身穿一件单布衣，头顶一袭粗葛巾，手上一根木棒棒，往大营门口一站，开口就骂。一边骂，还一边用木棍击地，骂得抑扬顿挫，有声有色。曹操勃然大怒，回头对孔融说：祢衡小子，算什么东西！孤要杀他，不过杀一只麻雀老鼠罢了！
祢衡这事做得确实不地道。至少是，他不该把孔融也卖了，弄得孔融里外不是人，也让曹操看不起。也许正是出于这种极度的蔑视，曹操甚至懒得亲手处死他，而是把他打发到刘表那里去。刘表素有宽和爱士的名声，祢衡去了以后，如能改弦更张，和睦相处，倒不失为一个很好的解决办法。可惜祢衡江山易改，本性难移，最终与刘表闹翻，又被刘表打发到黄祖那儿去。黄祖是个大老粗，哪里吃祢衡这一套？一次宴会上，祢衡又出言不逊。黄祖呵斥他，他反以骂言相对。黄祖大怒，喝令拉出去打屁股，祢衡却越骂越凶。黄祖再也忍无可忍，便下令杀了这小子。正好黄祖的主簿平时就痛恨祢衡，立即忙不迭地就把他杀了。祢衡死的时候，才二十六岁。
祢衡的死，多少有些咎由自取。他实在做得太过分了。在所有冤死的文士中，他最不值得同情。认真说来，他其实是一个极端自私的人。他的自高自大，就是他自私的表现。在他的心目中，只有自己，没有别人，所以他谁都看不起。为了表现他的所谓傲气，不惜把自己的朋友孔融推到极为尴尬的境地。这就不能算是英雄，只能叫做混蛋。
事实上祢衡的所谓傲骨，毫无正义的内容，只不过是他自我表现的恶性膨胀而已，而且到了不惜贬低别人来抬高自己的地步。